Ketiga danau yang indah ini terletak di dekat puncak Gunung Kelimutu, sebuah gunung berapi yang terletak di Indonesia bagian Timur, tepatnya di Pulau Flores, Provinsi Nusa Tenggara Timur dengan ketinggian 1.639 meter diatas permukaan laut. Adapun keunikan fenomena alam ini, sempat disebut-sebut sebagai salah satu nominasi dari keajaiban-keajaiban alam yang terdapat di dunia.
Untuk menikmati keindahan alam ini ada baiknya anda lakukan pada waktu menjelang pagi hari, dimana anda dapat menyaksikan terbitnya sang fajar dari atas gunung Kelimutu, sambil menikmati pesona khas alam sekitar yang bisa dibilang sangat indah ini. Keajaiban alam ini dapat anda nikmati hingga menjelang siang hari saja, karena dari siang hingga sore hari, pemandangan di alam sekitar akan terganggu dengan turunnya kabut yang menyelimuti lokasi tersebut.
Danau tiga warna yang berbentuk kawah ini, menurut kepercayaan turun temurun yang dianut oleh penduduk sekitar, mengatakan bahwa masing-masing dari ke tiga danau Kelimutu atau Tiwu Kelimutu ini adalah tempat persinggahan roh-roh dari para leluhur mereka. Danau yang terletak di sebelah kiri, yang bernama Tiwu Ata Mbupu, dikenal sebagai persinggahan arwah-arwah orang tua. Dan dua danau lagi yang terletak disebelah kanan yang hanya terpisah oleh tebing tipis, dikenal dengan Tiwu Nuwa Muri Ko’o Fai yang dikenal sebagai tempat persemayaman arwah muda-mudi dan Tiwu Ata Polo dipercaya sebagai tempat bersemayamnya arwah orang-orang jahat.
Keunikan lainnya yang terdapat pada danau-danau ini adalah, dapat berubahnya warna dari masing-masing danau tersebut, yang diyakini oleh para peneliti bahwa hal tersebut disebabkan oleh beberapa faktor alam, seperti aktivitas vulkanik gunung, pembiasan cahaya matahari, dan juga karena biota air tertentu. Selain itu, lingkungan dari Gunung yang terakhir meletus pada tahun 1886 ini masih kaya dengan unsur flora yang juga unik seperti bunga Edelweiss, dan juga faunanya, yaitu burung Garugiwa yang selain memiliki keindahan dalam kicauannya, yang juga dipercaya sebagai burung roh.
Kelimutu dalam bahasa setempat berarti, gunung yang mendidih. Keindahan danau ini pertama kali di temukan oleh Van Such Telen, seorang warga negara Belanda, pada sekitar tahun 1915. Pesona keindahan fenomena alam ini semakin dikenal oleh publik internasional ketika Y. Bouman menggambarkan keindahan Danau Tiga Warna pada tulisannya pada tahun 1929, dimana dari tulisan tersebut, tidak hanya wisatawan manca negara yang tertarik mengunjungi danau-danau tersebut, tapi sejumlah ilmuwan pun tertarik mempelajari fenomena unik dari alam ini.
